京都薬用植物園はこれまで培ってきた植物の栽培技術を継承するとともに、絶滅危惧種を含む重要な薬用・有用植物資源の収集・保全に努めます。

また医療系学生の教育に対する支援や子どもたちが将来にわたって健やかな生活ができるよう、環境教育の支援活動などを行っていきます。